Eine gute Wasserqualität fördert das Wachstum von Wasserpflanzen im Steinhuder Meer. Diese würden dann die Treibmudde am Boden festhalten. Eine Entwicklung, die positiv für das Meer wäre, aber aufgrund der Ausbreitung der Wasserpest zu Beginn der 2000er Jahre auch Skepsis hervorruft. Das Amt für regionale Landesentwicklung Leine-Weser (ArL) hat dazu eine Stellungnahme abgegeben.
2001 begann die extreme Ausbreitung der Wasserpest Elodea nutallii, die im Jahr 2002 ihren Höhepunkt erreichte. Damals bedeckte Eloda fast 60 Prozent des westlichen Bereiches des Steinhuder Meeres. Anschließend trat Elodea bis 2006 nur noch inselartig zusammen mit verschiedenen einheimischen Laichkräutern auf. Der See kehrte in seinen planktondominierten Zustand zurück. Unterwasserpflanzen kamen nur noch in Randbereichen vor. Die Konkurrenz zur eingewanderten Elodea sind die heimischen Wasserpflanzen. Liegen die Phosphorgehalte in einem See innerhalb des Orientierungsbereiches für den guten ökologischen Zustand, verringert sich die Dichte planktischer Algen. Das Wasser ist klarer, es dringt mehr Licht ein und das Aufwachsen der natürlichen Unterwasserpflanzen wird möglich.
„Einige dieser seetypischen Unterwasserpflanzen wie Armleuchteralgen besitzen zudem nur eine geringe Wuchshöhe, so dass der Wassersport kaum beeinträchtigt wäre“, so Kai Stocks vom ArL. Sollte es doch zu Beeinträchtigungen kommen, können die Pflanzen durch eine gewässerökologische Mahd reduziert werden, so dass die touristische Nutzung des Steinhuder Meeres nachhaltig sichergestellt ist. So gesehen hört sich das Wachstum von Unterpflanzen wie eine mögliche Lösung für das Steinhuder Meer an. Dazu müsste der Phosphatgehalt im Meer aber den gewünschten Wert erreichen. Über entsprechende Möglichkeiten und Maßnahmen hierfür wurde bereits berichtet.