Für den Wasserstand am Steinhuder Meer ist das Land Niedersachsen zuständig, das diese Aufgabe dem Kreisverband für Wasserwirtschaft Nienburg übertragen hat. Seit 1967 wurde ein System zur Wasserwirtschaft aufgebaut. Der Wasserstand am Steinhuder Meer unterliegt nicht nur jahreszeitlichen Schwankungen, sondern schwankt auch von Jahr zu Jahr. Den höchsten Wasserstand erreicht es am Ende des Frühjahrs mit 38,05 Meter über NN. Bleiben im Winterhalbjahr die Niederschläge aus oder ist das Frühjahr sehr trocken, liegt der Wert darunter. Das gilt auch bei einer hohen Verdunstung in den Sommermonaten. Im Schnitt fällt der Wasserstand im Laufe des Jahres um 20 Zentimeter und erreicht sein Minimum im Herbst.
Am Westufer liegt die Geländeoberkante heute etwa einen dreiviertel Meter unter dem Wasserspiegel des Steinhuder Meeres. Zurückzuführen ist diese Entwicklung auf die Entwässerung der Meerbruchniederung und die intensivere Bewirtschaftung der Grünflächen. Der dabei entstandene Lufteintrag führte zur Mineralisierung des Bodens, wodurch dieser an Volumen verlor und ein Sackungsprozess einsetzte. Um ein „Auslaufen“ des Meeres zu verhindern, wurde ein schmaler Erdwall errichtet. Ist er defekt, zum Beispiel durch Wühlschäden von Wildschweinen, läuft das Steinhuder Meer in das Grabensystem des Südbachs aus. Der Wasserstand sinkt. Um solche Leckagen zu verhindern, baute man bereits 1967 400 Meter vom See entfernt im Meerbach ein Staubauwerk. Damit regelt man die Wasserabgabe aus dem Steinhuder Meer nach einem Betriebsplan, der auch Hochwasserstände und Niedrigwasserstände im Meer berücksichtigt. Im Rahmen von Wiedervernässungen wurden seit den 1990er Jahren am Westufer zahlreiche Gräben ganz oder zeitweise angestaut. Dadurch konnten seitliche Wasserverluste des Steinhuder Meeres deutlich gesenkt werden. Weitere Maßnahmen führten dazu, dass kein Wasser mehr aus dem Steinhuder Meer durch das Hagenburger Moor in den Südbach gelangt.
Alle Maßnahmen haben dazu geführt, dass der Zielwasserstand auf 38,00 Meter über NN länger gehalten werden kann und das Ansteuern des maximal zulässigen Wasserstandes von 38,05 Meter über NN wieder möglich ist. Es sei denn, das Wetter macht nicht mit. Das Weihnachtshochwasser 2023/2024 führte zu einem Auslaufen des Meeres. Nach einem trockenen Frühjahr gab es in dieser Saison einen Wasserstand von 37,80 Meter über NN. Wird der Winter nicht nass, könnte er in der nächsten Saison noch niedriger sein, so die Prognose von August Lustfeld, ehemaliger Geschäftsführer des Kreisverbandes Wasserwirtschaft Nienburg. Um solche Szenarien aufzufangen, wäre theoretisch ein Wasserzufluss aus anderen Bereichen wie zum Beispiel aus der Leine denkbar, aber aufgrund der Wasserqualität problematisch. Sinnvoll ist es, das gereinigte Oberflächenwasser der Anrainer in das Meer zu leiten. Auch die Stadt will eine entsprechende Anlage in Steinhude bauen. Aktuell sucht sie noch nach einem geeigneten Grundstück, wie die Verwaltung auf Nachfrage mitteilte.